nonn50さん、こんにちは。

実は私も、Wizmobileから携帯対応レンダラーに移行する際に、同様にテーマ下テンプレートが反映されない現象に悩まされた時間がありました。

ずいぶん前の記憶なので不確かな部分もありますが、以下の点をご確認いただけますでしょうか。

1. 「root_path/settings/site_default.ini.php」の中に、Wizmobile関連の記述があると思いますので、ファイルを別名コピーのうえ、その記述を削除なりコメントアウトなりしてみる。
2. 携帯用テーマフォルダを、Wizmobileの際に同じテーマフォルダ名としていた場合に、Wizmobile用のファイルが２つあると思いますので削除してみてください。　「.legacy_wizmobilerendersystem」と「manifesto.ini.php」です。

特に、１．の対応がまず必要だと思いました。